自治州境内民族医药统称“苗医苗药”，包括苗、侗、瑶、水等民族的医药成果，是我国医药保库中的一枝独秀奇葩。苗族医学体系可分为辩病立症、病理学说、诊断、治疗、预防五部类。苗医将疾病分为症与疾，在辩证分类上有“两纲”、“五经”、“三十六症”、“七十二疾”。“两纲”即冷病纲和热病纲，由寒气引起的疾病称为“泠病纲”，由内热引起的疾病称为“热病纲”。病理学说有独特的理论体系，认为人体生病多因体内寒热之气失调引起；诊断主要有“望、号、问、触”“四诊”，治疗方法更是经济、简易、速效。苗族医学的最高成就是伤科和骨科，伤科多用药敷之法，骨科多用接骨之法。苗药用药主要以草药为主，将药物分为冷、热药两大类，热纲用冷药，冷纲用热药，把药味麻、香、辣之药归热药类，把味甘、辛、涩之药归冷药类，热药归冷经，冷药归热经，香、辣味药归属快经、半边经。